Hastalıklar mevsime, bölgeye ve işleme uygulamalarına bağlı olarak hasat sonrası kayıpların önemli bir kaynağıdır. Genellikle çürüme veya yüzey lezyonları mantar patojenleri Alternaria`dan (Black Mold Rot) kaynaklanır.Botrytis (Gri Kalıp Rot), Geotrichum (Ekşi Rot) ve Rhizopus (Kıllı Rot). Erwinia spp`nin neden olduğu. özellikle uygun hasat ve paketleme evi sanitasyonu kullanılmadığında ciddi bir problem olabilir.
Sıcak hava veya sıcak suya daldırma (0.5-1.0 dakika boyunca 55°C) ile muamele, yüzey küfünün önlenmesinde etkili olmuştur, ancak ticari işlemler için yaygın olarak kullanılmamıştır. CA, gövde ucunda ve meyve yüzeyinde mantar gelişimini geciktirmede etkili olabilir.
Asma üzerinde pazarlanan sera domatesleri ("küme domatesleri"), özellikle bir tepsiye filmle sarılmışsa, Botrytis Gri Küf`e karşı çok hassastır.
